มิยูกิ ฮาโตยามะ เกิดเมื่อวันที่ 28 มิถุนายน พ.ศ. 2486 ที่เมืองเซี่ยงไฮ้ สาธารณรัฐจีน (ปัจจุบันคือสาธารณรัฐประชาชนจีน) ในช่วงที่ญี่ปุ่นยึดครองคราวสงครามโลกครั้งที่สอง[3] เธอเป็นบุตรคนที่สองของครอบครัว บิดาชื่อยูกิโอะ กูซูโนเซะ (ญี่ปุ่น: 楠瀬 幸雄) สัญชาติอเมริกันที่พำนักอยู่ในเซี่ยงไฮ้ กับมารดาชื่อฮิเดโกะ ฮาชิโมโตะ (ญี่ปุ่น: 橋本 秀子)[4][5] แต่เมื่อสถานการณ์ทวีความตึงเครียดจากสงคราม ครอบครัวจึงย้ายกลับมาพำนักที่ญี่ปุ่นในจังหวัดโคจิ[5] และย้ายมายังเมืองโคเบะในเวลาต่อมา[5]

เธอเติบโตในเมืองโคเบะ[3] ในช่วงที่เธอเรียนหนังสือ เธอได้รับชื่อเล่นว่า "แกะดำ" (ญี่ปุ่น: 黒い羊) เพราะความบ้าของเธอ[6]